学院下设政治学系、行政管理学系、公共政策系、城市与区域管理系等四个系，拥有公共管理硕士(MPA)教育中心，以及以本院教授为主体设立的北京大学中国政治学研究中心、北京大学公共管理研究中心、北京大学城市治理研究院、电子政务研究院、中国国情研究中心等十八个校级研究所(中心)，其中北京大学政治发展与政府管理研究所是教育部人文社会科学重点研究基地。

政府管理学院横跨政治学、经济学、管理学三大学科门类，可授予法学、经济学、管理学三类学位。学院现设有政治学与行政学、行政管理与城市管理三个本科专业，七个硕士专业，政治学与公共管理学两个一级学科以及区域经济学一个二级学科博士授予点，三个博士后流动站。