北航MPA培养方案共设置了13个专业方向，大致涵盖了公共管理的全部重要领域。植根于北京航空航天大学强大的航空航天背景之下，学校MPA还特别强调为国防及国防科研部门培养专门人才，为此专门设置了两个专业方向。

目前，学院在公共管理学、教育管理两大学科领域已形成自己的学术优势。形成了以高等教育学、行政管理学、国防经济学、科学技术哲学、战略问题研究等研究中心为依托的学科发展模式，坚持“夯实基础、强化实践、注重交叉”的发展战略。