清华大学在2012年开始招收工程管理硕士，并在2015年5月成立了工程管理硕士(MEM)教育中心。中心在研究生院指导下，依托十五个院系(工业工程系、环境学院、机械工程系、精密仪器系、能源与动力工程系、电机工程与应用电子技术系、自动化系、工程物理系、核能与新能源技术研究院、软件学院、车辆与运载学院、化学工程系、建设管理系、水利水电工程系、深圳国际研究生院)，集中清华优质教育资源，开展针对工程管理硕士的培养工作，是清华大学最早跨院系的专业学位教育中心之一。中心致力于充分发挥清华大学的工科商科优势、产业服务平台和国际合作资源，围绕国家战略需求，开展理论联系实际的各种形式的教学活动，重在培养应用能力和职业胜任力，拓展行业视野和培养行业领导力的国家重点行业和新兴产业的骨干人才。中心设有MEM管理委员会、培养委员会、咨询委员会，拥有来自各相关专业院系的一百多位优秀教师，全部教师均具有博士学位和海外学习研修经历，均为博士生导师或硕士生导师，有多年从事学术类研究生和专业类硕士研究生的授课经历，教学经验丰富。此外，中心还引入政府、企业和学术界的专家作为校外师资，其中前沿讲座嘉宾10余人、全球移动课堂授课基地教师20余人，参与论文指导的企业联合导师近200余人。