中国科学院大学工学院覆盖力学、动力工程及工程热物理、土木工程3个一级学科。由现代力学系、宇航工程科学系、海洋工程系、岩土力学与工程系、能源工程系、热科学与工程系、系统工程与工程管理系等7个系、15个教研室组成。工程科学学院学科建设的目标是：到2020年，力学、动力工程及工程热物理、土木工程3个一级学科要具有鲜明的工程科学特色，并达到国内领先、国际先进水平;到2025年，通过强化新兴学科建设，紧密与航天航空、海洋海岸、能源环境、生物医学等工程领域联系，不断丰富面向前沿交叉和重大工程的内涵，跻身国际领先行列。